文殊寺据史书记载，文殊山石窟最早凿于北朝， 寺庙创于贞观，距今约有一千五百多年的历史。经五代、唐、宋（西夏）、元、明、清历代开凿、建筑、塑像、彩绘，在香火鼎盛时期，前山和后山建筑约三百六十余座，七十余院，石窟洞窟七十余座，庵、观、寺、院处处香烟缭绕，殿、亭、楼、阁遍布前山后山。南北朝至隋唐以来，藏汉传佛教、道教等多种宗教艺术荟萃之地，距今约1500多年的历史，其艺术风格与莫高窟相媲美，俗有“小西天”之美称。据传说文殊菩萨在此显灵而得名。三世达赖曾来此朝拜。千佛洞、万佛洞、奇观骆驼峰，古建筑多建在奇峰异峦之颠。

    1992年5月，原肃南县祁丰区公署，祁丰区祁文藏族乡人民政府在所在地文殊寺成功地举办了文殊寺第一届文化庙会，拉开了祁丰旅游业发展的序幕。在区公署和乡政府的大力支持和引导下，牧民群众积极投资大办旅游业，从刚开始的简易布帐篷逐步发展为目前的楼式结构，具有地方民族特色的固定式景点15处。80年代未期，酒泉、嘉峪关市等地的信教群众纷纷来此投工投劳投资，补修了部分庙宇，在符合国家民族宗教政策和法律法规规定的范围内开展宗教信仰活动。为了规范旅游业的管理，提高景区的旅游品位和档次，1995年8月肃南县人民政府批准成立了"肃南裕固族自治县文殊寺旅游行政管理所"，属事业单位，隶属祁丰区公署管理，具体负责景区的管理和经营。目前，旅游景区水、电、路、通迅，各类建筑物等基础设施累计投入资金3000多万元，有各类管理人员150余人，讲解人员5人，人文景观3处42座庙宇，草原自然风光景观3处，自然奇观1处。成功举办文殊寺景区文化庙会14届，接待游客70万人（次），其中国外游客0.15万人（次），旅游业收入累计达到1250万元。

    2001年国务院第五批公布为全国重点文物保护单位。

    2006年被批准为国家AAA级旅游景区

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